Navas de Estena se encuentra ubicado en el enclave de mayor riqueza natural del Parque Nacional de Cabañeros.

Presenta una  síntesis natural perfecta del Parque Nacional y cuenta a su vez con un medio natural  peculiar  dentro del mismo. Contiene distintos ambientes que favorecen la presencia de diversas especies vegetales y animales que encuentran en el término municipal el emplazamiento adecuado donde desarrollar su actividad cotidiana: rañas, arroyos, microturberas, e incluso ambientes que favorecen la presencia de vegetales relictos de épocas pretéritas (tejo, foto de la izquierda). En las sierras de Navas de Estena aparecen diversas especies vegetales y animales singulares tales como tejos, alisos, acebos, helecho real, buitre negro, águila real...

Mención aparte merece el Boquerón del Estena. Desde el punto de vista florístico, es uno de los lugares donde se refugia la flora más peculiar del entorno de Cabañeros. Por la disposición espacial de este valle se crean las condiciones adecuadas para que habiten tejos, abedules, alisos, acebos, helechos reales (Osmunda regalis), pequeñas turberas... En general es un paisaje fresco y agreste, muy diferente de lo que los visitantes esperan encontrar en Cabañeros.

En cuanto a la fauna, para apreciarla hay que dejar un poco de lado la concepción turística del Parque de Cabañeros y entrar en los aspectos más íntimos del ecosistema; aunque esto suponga "olvidarnos" de especies como buitres o incluso la nutria. El  del Boquerón, es un paisaje dominado por tres elementos: el monte, la roca y el río. Y es precisamente  en este último lugar donde encontramos los elementos más importantes como varias especies de peces autóctonos tales como el calandino o el jarabugo además de la almeja de río (Unio sp., foto de la derecha). Todo esto es lo "fácilmente apreciable", pero  los entendidos reconocen la diversidad de especies animales por estudiar, por ejemplo, los insectos;  tan olvidados en todos los trabajos de conservación del medio natural y tan abundantes en la zona por la multitud de ambientes que encuentran favorables.