Extinguidas de la comarca especies como la cabra montés y el lobo, la primera en el siglo pasado y el segundo en los años 70, en una montería celebrada en Piedras Picadas, existe aún en la comarca una riqueza faunística importante.
El abandono de prácticas de carboneo y piconeo, de extracción de leña y quema de monte para pasto, la dedicación cinegética de grandes superficies y repoblación con plantaciones forestales, ha provocado cambios en el hábitat que han modificado las relaciones de las comunidades animales.
Es el monte el ambiente con más capacidad para soportar diversidad de comunidades, ya que proporciona abrigo y enclaves para la nidificación, cría y encame.
Según diversos estudios, el lince prefiere moverse en el matorral espeso, siendo los cerros y barrancos afluentes del Estena donde más se ha avistado al felino. Este mismo hábitat también da cobijo a meloncillos, ginetas, conejos,gatos monteses, el turón, la garduña, buhos reales, milanos negros, rabilargos, cárabos, águilas calzadas y águilas culebreras. Las umbrías y zonas frescas del monte son las preferidas por corzos y azores, siendo las peñas inaccesibles el lugar preferido por el águila real, el buitre leonado y el águila perdicera. Otras espcies presentes en el monte de las sierras son el águila ratonera, el milano negro y real o el búho real.
Las zonas arboladas son las que utilizan para anidar los arrendajos, alcotanes, picos picapinos y los más pequeños insectívoros, como papamoscas, así como buitres negros, águilas reales y águilas imperiales.
Las piedras y matorrales más expuestos a la insolación, son el hábitat donde observar las especies de reptiles más adaptadas a la aridez, como el lagarto ocelado, la lagartija ibérica, la lagartija colilarga, la culebra de herradura, la víbora hocicuda, la culebra bastarda y la culebra de escalera.
En los medios acuáticos, representados por el río Estena y sus afluentes, fluye una interesante muestra de fauna, al amparo del soporte alimenticio que proporciona el cangrejo de río.
En cuanto a la avifauna, además de especies propias de este ecosistema, como el martín pescador, el avión zapador, el anáde real, la garza real, la polla de agua o el mirlo acuático, existen otras especies como palomas torcaz, carracas, currucas, ruiseñores, mirlos, oropéndolas y petirrojos.
De los mamíferos, además de la nutria y la rata de agua, el agua atrae a numerosas especies como el jabalí, el corzo y el tejón.
Entre los anfibios, cabe destacar la rana de San Antón y la ranita meridional así como el endémico tritón ibérico. En ambientes semejantes vive el lagarto verdinegro, la culebra viperina, el galápago leproso y el más escaso galápago europeo.
En cuanto a la ictiofauna, el río Estena, afortunadamente sigue siendo uno de los ríos mediterráneos en óptimo estado de conservación, donde predominan gran cantidad de especies autóctonas, con la valorada presencia del jarabugo, el barbo comiza, elbarbo cabecicorto, la boga, el cacho, el calandino, la pardillay la pequeña colmilleja. La introducción de especies alóctonas con fines deportivos, como el black bass y la carpa, puede alterar de forma irreversible este frágil ecosistema, como ya ocurriera con la introducción del cangrejo rojo americano al desplazar a los cangrejos ibéricos.
Las llanuras integradas dentro de los grandes cotos de caza, son el hábitat ideal para el desarrollo de diversas especies de aves esteparias, como el zorzal, el mochuelo, el cernícalo,el águila ratonera, el chotacabras, la paloma zurita y la paloma bravía, así como pequeños mamíferos como el lirón careto o el erizo común, además de las especies de caza mayor cuya expansión se ha potenciado como el ciervo y el jabalí, constituyendo un elemento desestabilizador de las relaciones tróficas presentes hasta los años 70.
En los medios antrópicos
como campos de cultivo, sotos, huertas y riberas, casas abandonadas...
todos los medios influenciados por la presencia humana también existen
ciertas especies curiosas como la lechuza, la paloma bravía y zurita,
el halcón peregrino, la garcilla bueyera, el zorzal, la
abubilla,
el cernícalo, el mochuelo, el chotacabras, el erizo común,
el topo, el lirón careto, la musaraña,...